1980年代以后，台湾棒球运动赖以为本的三级棒球日渐式微，“三冠王”的威风不再，学生棒球队不论质或量皆急遽下跌；成棒队战功彪炳，但是岛内甲组成棒赛观众却寥寥可数，甲组成棒社会球队陆续出走日本业余队及职棒队，未来出路的问题困扰着棒球选手们；而一般人对棒球运动的本质及技术层面的了解并不深，“冠军”取向观念普遍存在于民间，当“冠军”不再稀奇时，对于棒球的喜爱也开始降温。为彻底解决这些潜在的问题，兄弟饭店负责人洪腾胜先生开始极力为台湾棒球的职业化催生。

　1987年12月31日“职棒推动委员会”成立，由当时棒协理事长唐盼盼兼任主任委员。半年后，委员会订定了台湾的职棒大致的发展方向，并开始着手筹组球团、订定规章、解决场地问题和培养裁判人才、建立裁判制度等实际工作。

　1989年10月23日，台湾职业棒球联盟正式成立，味全、统一、三商、兄弟等四个企业本着热爱棒球的心，成为第一批投身职棒的球团。

　1990年3月17日台湾棒球史上的第一季职棒联赛开打，共有兄弟象、统一狮、三商虎与味全龙等四队参与竞赛，台湾地区的棒球新纪元－职棒元年就此揭开序幕。台湾棒球史上第一场职业棒球比赛在台北市立棒球场开打，由兄弟象队出战统一狮队，结果狮队击败象队获得台湾职棒史上第一胜，统一狮投手杜福明是第一位胜投的投手，当天另一场比赛，三商虎队投手涂鸿钦击败味全龙队并成为第一位写下完封胜的投手。

　　职棒开打后数年之间，台湾的棒运呈现出一番完全不同的景象：棒球员的待遇大幅提高，不但生活获得了改善，也增加了他们在球场上更上层楼的动力；球员的社会地位获得提升，优秀的职棒选手更成了青年朋友崇拜的偶像，受欢迎的程度媲美演艺明星；大批的球迷涌进球场欣赏职业球赛，棒球热潮再度蔓延全台湾，至1997年时观众人数已经突破千万人次，引起台湾当局的高度重视，除了允诺兴建“巨蛋”棒球场外，各地或已闲置、或已老旧的球场亦在地方的推动之下获得整建，从职棒元年仅五座比赛球场，到现在已经有至少十座以上的球场可供职棒比赛。

　　而职棒联盟也由创始的四队陆续增加成为七队：1993年时报鹰队、俊国熊队二支队伍加入，1997年和信鲸队（后改名中信鲸队）加入。同时，也因棒球风气兴盛，各级棒球队的数目也不断增加，棒、垒球运动大为流行，各企业行号亦以慢速垒球作为员工联谊、运动的主要项目。球迷透过每年各地超过百场的职棒联赛，和媒体、杂志专业报的报导之下，对棒球技艺、棒球文化、历史传承等能有更深入的认识，棒球已经完全融入台湾民众的生活当中。

台湾大联盟成立

　　台湾职业棒球大联盟（TML，英文全称为Taiwan Major League，简称台湾职棒大联盟或台湾大联盟），起源于1996年原拟参与职业棒球联盟的声宝公司旗下球队声宝巨人棒球队，因权利金及其它因素致无法加入，于是在年代电视台董事长邱复生的支持下，筹组台湾大联盟，并成立那鲁湾股份有限公司经营管理，所以又称那鲁湾台湾大联盟。1996年01月20，台湾大联盟于声宝林口球场开训，并于1996年06月18日宣布联盟所属之四支球队分别为：台北太阳队、嘉南勇士队、高屏雷公队和台中金刚队等四队。1997年2月28日台湾职业棒球大联盟开打，开启台湾地区职业棒球进入二大职棒联盟的新时代。

职棒签赌事件

　　1996年爆发职棒签赌事件，数十名球员遭收押、起诉，台湾职棒进入前所未有的黑暗期。球迷由于极度失望而造成人数顿减，球团经营开始出现危机。

　　2005年再次爆发签赌案疑云，根据报导，警方由通联纪录掌握近20名疑似涉案的球员名单；然而随着案情侦办的牛步化，以及当初主办的云林地检署检察官徐维岳爆发在任职云林地检署期间，于多起赌博性电动玩具、盗采砂石等案件中涉嫌索贿，取得数百万元贿款后，再给予犯罪嫌疑人不起诉处分等不法行为，于2006年09月06日声请羁押、禁见后；“职棒签赌”的乌云似乎又逐渐地被众人所淡忘。

　　在过去两次的职棒签赌案中，我们只能看到球团急欲撇清干系的“自清”行动，在球员尚未正式罪刑定谳前即处以“未审先判”的开除手段，联盟本身(职棒大联盟)亦无积极的作为，只采取被动的“呼吁”球迷切勿助长赌风，事后成立由退休警官为主的维安小组，然而针对球员的人身安全维护、球场现场的维安搜证措施等并没有明文和实际的作为。

　　以悲观的角度来看，职棒签赌事件在将来仍为台湾地区职业棒球运动中无法避免的危机。

部分球团解散

　　1996年俊国将球队经营权转让给兴农企业，并改名为兴农熊队，后来再度更名为兴农牛队。1998年时报鹰队宣布解散，1999年两支元老球队三商虎队、味全龙队亦先后宣布解散，职棒联盟从七支球队顿减为四支球队，仅剩兄弟象队、统一狮队、兴农牛队、中信鲸队正式发表永续经营之声明。

两联盟的竞争

　　台湾大联盟的成立虽然为台湾职业棒球带来一番新气象，不过其负面影响似乎也不小，因在商业利益挂帅下，台湾大联盟陆续地向职棒联盟暨业余棒球队挖角，结果使得整个棒球生态环境受到影响，而台湾的棒球发展亦出现另一危机。

两大联盟合并

　　台湾职业棒球大联盟的成立虽然为台湾职业棒球带来一番新气象，不过也对棒球生态造成冲击。2003年01月13日由体育主管单位召集职业棒球联盟与台湾大联盟代表签署两联盟合并协议书，那鲁湾股份有限公司同意解散台湾职业棒球大联盟，并应允其所属原有四支球队精减为两支球队：金刚、太阳两队加入职业棒球联盟，两联盟正式合并。

　　2003年3月1日（职棒十四年）职棒大联盟在台北市立天母棒球场举行开幕战，在满场一万多位热情球迷欢呼声中展开职棒新纪元。2004年由诚泰银行接手太阳队，并改名为诚泰Cobras队；La New企业则接手金刚队，改名为La New熊队。

重返奥运

　　2004年中华台北成棒代表队在雅典奥运的资格赛以两胜一败的战绩、亚洲区第二名的姿态获得奥运代表权，也是中华台北成棒代表队睽违十二年之后重返奥运殿堂，台湾棒球运动重现生机。

旅美选手返台

　　2006年曾经登上大联盟的旅美好手陈金锋，以及在国际赛偶有佳作的黄俊中返台加盟中华职棒La New熊队，两位具实力的选手加盟后，台湾棒球一扫前一年疑似选手签赌的阴霾，球场再现热潮。