２０年来，福建中医学院在大陆中医药界中最早开办对台中医药培训进修、最早招收台湾本科学生、最早招收台湾研究生、最早接待台湾中医药界访问团组、在大陆高等院校最早单独设立台湾中医药事务办公室、最早成立台湾中医药研究室、最早召开两岸中医药学术研讨会。

　　１９８７年底，福建中医学院台湾中医研究室成立，同时开办了对台中医药培训班，满足台湾同行到大陆深造的愿望。１９８８年，台生庄继志来校就读中医本科，福建中医学院也成为大陆第一家接受台湾本科生的高校。

　　 福建中医学院还是举办两岸中医药学术研讨会次数最多、收集保存台湾中医药文献最多的大陆中医院校；出现过第一位访问台湾的大陆高校校长；最先利用台湾高校资源在大陆联合办本科专业；是最早派出学生赴台参加夏令营的中医院校。

　　２００５年７月，福建中医学院成立全国高等院校首家“中西医结合研究院”，台湾大学医学院的杨思标教授受聘成为研究院学术委员会委员。

　　２０年来，福建中医学院与台湾中医药界的交流从无到有，由初级到高级，由单向到双向，持续深入发展。到今年年底，学院先后选派５４批９６人次赴台进行学术交流。

　　由于大陆学历一直未获台湾当局承认，福建中医学院根据台湾学生回台后需参加中医师资格“检考”“特考”的需要，增设了《内经》《医宗金鉴》《本草备要》等１３门相关课程，受到台生普遍欢迎。

　　截至目前，福建中医学院已累计为台湾培养出４００多名毕业生，其中不少已成为台湾中医药界精英。陈俊明硕士毕业后曾任台北中医师公会理事长；王子欣是第一位通过台湾“中医师特考”的毕业生；张琬若等３人成为台湾“中国医药大学”骨干教师。